一般聚丙烯酰胺的分子量越大，分子鏈則越長，其絮凝效果越好。據(jù)研究，聚丙烯酰胺絮凝劑的分子量越大，其微粒表面的吸附速度加快，降低電表面∮電位的能力得到提高。這是因為聚合物鏈加長后，增大了對微粒作用的范德華力，同時，所帶極性基數(shù)目也有增多。與之相反的，分子量較小的（104-103以下），于微粒表面吸附后，因其鏈不太長非但不足以發(fā)生橋連作用，連親水的或多個帶相同符號電荷的極性基團朝向微粒外，使微粒間反而產(chǎn)生斥力而不能兼并，即分散作用。此種情況下，在一定得范圍內，相對的分子質量越小分散效果則越好。
聚丙烯酰胺的分子結構，其實就是大家通常所說的聚合物鏈彎曲性，對聚丙烯酰胺絮凝效果也有影響。不僅聚合物鏈的長短，鏈的彎曲程度也是對性能發(fā)生有影響。線型結構的聚丙烯酰胺，其絮凝效果較好；成環(huán)狀或支鏈結構的效果較差。脂肪烴基長鏈（所謂“柔性”長鏈），在鏈上的各極性基彼此之間因氫鍵的作用，致使分子卷曲成團狀，從而降低絮凝劑的作用。
聚丙烯酰胺的官能團，其極性、親水性、電荷的性質，及電荷的中和能力，對膠體顆粒的吸附和反應等都不相同。含官能團多，電荷密度會過高；含官能團少，電荷密度過低，對電荷的中和作用是不利的。